Η παρασκευή των λεπτών τομών είναι μία επίπονη και κοπιώδης διαδικασία, κατά την οποία απαιτείται μεγάλη προσοχή, ώστε οι λεπτές τομές να είναι όσο το δυνατόν πιο άψογες. Ενίοτε όμως αυτό δεν επιτυγχάνεται, με αποτέλεσμα οι λεπτές τομές να περιέχουν κάποια ξένα σώματα που δυσκολεύουν την παρατήρηση ή που μπορούν εσφαλμένα να εκληφθούν ως ορυκτά. Τέτοια υλικά είναι συνήθως φυσαλίδες αέρα, κόκκοι λειαντικού υλικού, διάφορες ίνες, κλωστές ή τρίχες, σκόνη κλπ. Άλλες ατέλειες που συχνά έχει μία λεπτή τομή είναι διάφορα σπασίματα και οπές στο ορυκτό ή το πέτρωμα.

Οι φυσαλίδες αέρα που παγιδεύονται στη συγκολλητική ρητίνη είναι δυνατό να εκληφθούν, εσφαλμένα, ως ισότροπα ορυκτά με υψηλό ανάγλυφο. Μικρές σφαιρικές φυσαλίδες μπορούν να εμφανίζουν σε ορθοσκοπική εξέταση με διασταυρωμένα Nicols μία εικόνα σταυρού, κάτι σαν την κωνοσκοπική εικόνα ενός μονάξονα κρυστάλλου. Μεγαλύτερες φυσαλίδες έχουν πιθανότατα ακανόνιστο σχήμα με καμπυλόμορφα πάντως άκρα λόγω της επιφανειακής τάσης της συγκολλητικής ρητίνης.

Εάν, πριν να αρχίσει η λείανση της τομής, η συγκολλητική ρητίνη δεν έχει στεγνώσει και στερεοποιηθεί εντελώς, τότε ενδέχεται να ενσωματωθούν σ' αυτήν κόκκοι του λειαντικού υλικού. Αυτοί φαίνονται ως μικροσκοπικοί, ακανόνιστοι, αδιαφανείς κόκκοι, διάσπαρτοι στη λεπτή τομή ή συγκεντρωμένοι σε σπασίματα και οπές του πετρώματος.

Οι διάφορες χάρτινες ή υφασμάτινες ίνες καθώς και τρίχες έχουν συνήθως πολύ λεπτή, επιμήκη και τεθλασμένη μορφή. Με διασταυρωμένα Nicols εμφανίζουν συχνά χρώματα πόλωσης, διότι πολλά από αυτά τα υλικά είναι ανισότροπα. Ρυθμίζοντας προσεκτικά την εστίαση, ιδίως με φακό μέσης ή μεγάλης μεγέθυνσης, μπορούμε να καταλάβουμε συνήθως ότι οι ίνες βρίσκονται στη συγκολλητική ουσία είτε πάνω είτε κάτω από το ορυκτό ή το πέτρωμα.

Οι οπές και τα σπασίματα στο ορυκτό ή το πέτρωμα είναι ατέλειες που δημιουργούνται συνήθως κατά τη λείανση. Είναι πληρωμένα με συγκολλητική ουσία (π.χ. βάλσαμο Καναδά) και εμφανίζονται ισότροπα. Τα σπασίματα έχουν ως επί το πλείστον ακανόνιστο σχήμα και διακρίνονται σχετικά εύκολα. Οι οπές όμως συχνά εκλαμβάνονται ως άχρωμα ισότροπα ορυκτά με χαμηλό ανάγλυφο. Η προσεκτική παρατήρηση συνήθως αποσαφηνίζει το ζήτημα. Τα σπασίματα και οι οπές, μολονότι θεωρούνται ατέλειες, συχνά αποδεικνύονται χρήσιμα, ιδιαίτερα στη μέθοδο της γραμμής Becke, διότι τα περατωτικά τους όρια είναι κατά κανόνα απότομα και σαφή.

Ένα άλλο φαινόμενο που παρατηρείται κάποιες φορές είναι ο πολυμερισμός της συγκολλητικής ουσίας εξαιτίας εσωτερικών τάσεων, με συνέπεια αυτή να αποκτά ανισοτροπία και να σχηματίζει διάφορες μορφές που εμφανίζουν χρώματα πόλωσης και δυσχεραίνουν την παρατήρηση.